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在与蜀山齐名的修仙圣地昆仑山上，有一个修仙门派叫昆仑琼华派。该派擅长铸剑，且立志修仙，几代人梦寐以求的就是修成仙身。有一天，琼华掌门发现，如果要修成神仙，只要能到达昆仑山上天光射下来的地方，那里是传说中的得道成仙的圣地。但是，要让琼华派上升到那么高空的天光之处，必须有强大的灵力。
可惜，他们没有那么大的灵力。不过，那几代掌门发现了一个大秘密，有一个隐形的妖界，幻瞑界。幻瞑界每隔十九年恰好经过琼华派上空。这个幻瞑界拥有巨大的灵力，足以让整个琼华派升起到天光圣地。于是，他们几个想了一个办法，铸造出一阴一阳两把宝剑，分别名为望舒、羲和，然后借助这两把宝剑的强大力量，由至阴至阳两人在卷云台用内力激发形成剑柱，直插云霄，使得幻瞑界现形，并形成一个灵力网把幻瞑界束缚住，再借此冲进幻瞑界，夺取灵力。
经过三代人的努力，望舒与羲和剑终于铸成。他们费尽心机终于选了一阴一阳两个人来成为这两把剑的宿主，至阴的女宿主叫夙玉，至阳的男宿主叫玄霄。两人日夜苦练，等待幻瞑界再次来临。而他们有个共同的朋友，叫云天青，此人行事洒脱，不羁世俗。这三个人是很好的师兄妹，只不过日久生情，夙玉和玄霄彼此相爱，而云天青，也喜欢上了自己的这个师妹。
十九年的轮回转眼就到了，幻瞑界再次光临琼华派上空。夙玉和玄霄操纵着两把剑，形成剑网，将幻瞑界网缚。然后，琼华派的众人冲进了丝毫没有防备的幻瞑界。双方展开大战，场面极其惨烈。琼华派死伤过半，掌门人战死。幻瞑界也是伤亡惨重，六位妖将只剩两位，幻瞑界之主与琼华派掌门大战，杀死琼华掌门后，自己也受了重伤。
然而，造成此次琼华派抢夺失败的原因却是，持有望舒剑的宿主夙玉发现，这样的抢夺，其实是跟修仙的本质相违背的。靠夺取他人的灵力，而使自己成仙，这是一种入了邪的思想。而且，看到幻瞑界和琼华派众人死伤如此惨烈，她感到心痛。与她有相同想法的人，还有她的好朋友云天青。
云天青实在不愿看到双方如此厮杀，琼华派那些像是疯了的人，连幻瞑界的孩子都不放过，云天青不忍心，于是救下了幻瞑界之主的幼女，结果被同门发现，被认为是叛徒，不得不逃离琼华派。与他一起逃离的还有夙玉，她带走了望舒剑。而羲和剑的宿主玄霄却梦想成仙，始终坚守在琼华。而且，他不愿意跟夙玉一起走，并且对夙玉的出走感到非常气愤。这大大伤害了夙玉的心。云天青和夙玉走了之后，双剑形成的剑网消失，幻瞑界大肆反扑，乘机脱离束缚。琼华派死伤更惨，而极阳的羲和剑由于失去了极阴的望舒剑的中和，也开始反噬，它的宿主玄霄被羲和的热气所噬，狂性大发，又加上琼华派新掌门夙瑶的唆使，琼华派的长老只得将玄霄冰封在禁地。
不过出逃的夙玉也不好过，她也被望舒剑反噬，终日饱受寒气之苦，还好有云天青相伴。云天青将他救下的幻瞑界之主的幼女交给寿阳一个姓柳的县令收养，并给她带上一块叫做帝女翡翠的玉，以掩盖她身上的妖气，使别人无法察觉。这个幼女就是柳梦璃。云天青精心照料夙玉，为了能让她抵御寒气，遍访天下名山，寻得一块可以御寒的阴阳紫阙，帮助她抵御寒气。最终，云天青同夙玉隐居青鸾峰，生下了他们的儿子——云天河。然而，即使有阴阳紫阙御寒，由于寒气对夙玉的伤害太大，她生下云天河后不久，就去世了。云天青因为运功帮夙玉抵御寒气，也被寒气入侵，在云天河不到十岁时，也去世了。他们留给云天河一把剑——望舒。夙玉死之前，只想把那块她和玄霄共同持有的灵光藻玉放在墓前，她依然爱的是玄霄，尽管玄霄深深的伤了她。
云天河从小善于打猎，尤其喜欢吃烤山猪肉，饭量极大。云天河从来没下过山，对山下的一切都不懂，也不懂人情世故，更不懂爱情。在云天河十八岁时，一个以盗墓为生的女孩——韩菱纱闯进了他的生活，韩菱纱听说青鸾峰上有剑仙之墓，而她梦寐以求想找到剑仙教她长生之法，以解决她那一族都很短命的问题。她闯进了云天河父母的墓，在那里，她和云天河见了面。可是，由于韩菱纱是至阴之体，所以在她接触云天河的那把望舒剑的时候，成了望舒剑新的宿主。沉睡十九年的望舒剑终于苏醒。而云天河也不慎用灵力巨大的望舒将其爹娘的墓室毁掉。以后的时间里，由于望舒剑的寒气侵入，韩菱纱经常感到头晕，身体不适。
之后，他们决定一起下山去找剑仙，问明云天河的身世。下山后云天河见到了很多以前从未见过的人和事，由于他对世事一概不知，闹了不少笑话。在寻找剑仙的路上，韩菱纱和云天河打打闹闹，又互相帮助，经过了不少风风雨雨。他们在巢湖边上遇到妖怪，恰好被经过的慕容紫英看见，解救了他们。之后，云天河和韩菱纱结识了一路追随慕容紫英的怀朔和璇玑，但二人为了跟上慕容紫英而匆匆离去。韩菱纱打算通过怀朔他们，希望通过他们拜入琼华派门下，也一路追踪来到寿阳，在那里见到了长大的柳梦璃。柳梦璃的养父曾经被云天河的父亲云天青救过，因此，他一见到云天河，就特别喜欢，非要把柳梦璃嫁给云天河。让云天河做女婿。在三人共同解决完寿阳县郊女萝岩里的众妖伤人事件后，柳梦璃决定跟随云天河他们一起去寻仙，其实她只是想见见世面，历练历练。
他们为了快点追上琼华派的怀朔、璇玑、以及那位在巢湖边救过云天河、韩菱纱的“师叔”，抄近道进入了淮南王陵。历经艰险后总算到了陈州，接着遇到了琴姬，帮助她完成了爱情夙愿。然后与怀朔、璇玑会合，第一次御剑去了琼华派所在的昆仑山脚下的播仙镇。稍事休息后决定即刻前往琼华派一探究竟。
他们经过太一仙径，途中看到不少上山的剑客，他们中大多数是因为资质不够没能通过选拔，但不愿离去就在半山上搭棚留宿的。总算爬到了琼华派，可是琼华派掌门夙瑶是个心机极重的人，非常妒才，尤其当她看到云天河手中的望舒时决定利用云天河等人。她假模假样的安排了一个测试给他们，过关之后，云天河等人进入了琼华派，成了琼华弟子，而慕容紫英成为他们的师叔，负责教他们武功。于是，这之后，《仙剑奇侠传四》的四位主角：慕容紫英、云天河、柳梦璃、韩菱纱就走到了一起。
开始的时候，慕容紫英一心修仙，而且总是一副冰块脸，但是大家能看得出，其实，他是个很热心也很重感情的人。这个时候的韩菱纱送给了慕容紫英九龙缚丝剑穗，因为她觉得，拿人家的手短，慕容紫英收了她的东西，就会对他们的行为得过且过。后来的一个晚上，望舒剑发出特别的光，云天河等人跟随望舒剑来到禁地，因为玄霄被关在禁地里，他的羲和剑也在这里。望舒感受到羲和的召唤，而来到禁地。在这里见到了玄霄。玄霄跟云天河很谈得来。于是，云天河决定帮助玄霄冲出冰封。玄霄教云天河凝冰决，是一种极寒的功法，玄霄用以克制羲和的侵害。
他们四人便根据指示去清风涧找到了两位长老，而这两位德高望重的长老正是当年冰封玄霄的参与者。由于心中有愧，两人便告诉他们如何寻得三件寒器。四人历经艰险，一路降妖伏魔，切身感到了六界生灵的亲情、友情、爱情，也终于帮助玄霄找到了三样至寒之宝（每件寒器的寻得正好对应着亲情、友情和爱情）。玄霄也很感动云天河的做为，与云天河结成兄弟。尽管他知道云天河是自己昔日恋人与他昔日好朋友的儿子。
找这三件寒器的过程中，慕容紫英、云天河、柳梦璃、韩菱纱四人的关系也越来越亲密，即墨烟花绽放如同四人之间的真诚，他们顺理成章的成为好朋友。而云天河、柳梦璃、韩菱纱在这之中经历了很多事，他们发现，修仙不过是一个美好的幻想，心不善，就修不成仙。悟出了妖法邪魔都不可怕，人的争斗之心才最可怕的道理。而琼华派中存在太多欲望和争斗，而且，为了修仙不择手段，甚至不去救近在山下的那些干旱的百姓。