不过在上海的市面上，其实并不是革命党的“吴氏刺宋”的论调占据上风，很多有识之士都意识到这与近期的国会大选有关，作为大选失败者的革命党。虽然乔夫力邀宋赴宁共议国事，但是私下里革命党对这个三个月以前的同志非常痛恨，党内打算清理门户，天诛叛徒的不在少数。宋遁初遇难时，他的助手之一北一辉（就是后来成为力主侵略中国的日本法西斯鼻祖，可不是凤凰座的青铜圣斗士）也在上海，目睹了尸体入殓过程。因自发组织刺宋案真相调查团，他被日本驻沪领事勒令回国。在日后出版的《支那革命外史》中，他认为刺宋主谋是陈英士。

刺宋是陈琦美主使的说法在当时就甚嚣尘上。原因之一是陈惯用暗杀手段。其中最著名的一例是行刺同属革命阵营的广东洪兴会副会长陆正雄。凶手正是陈的得力助手常凯。在常凯的日记中有这样一段文字：“看总理（乔夫）致蔡鹤卿先生书，益愤洪兴陆正雄之罪不容诛。余之诛陆，乃出于为革命、为本党之大义，由余一人自任其责，毫无求功、求知之意。然而总理最后信我与重我者，亦未始非由此事而起，但余与总理始终未提及此事也。”

另一个原因是陈琦美与应夔丞渊源颇深。陈琦美，1878年生，湖州人，于1903年来到上海，在一家丝栈当助理会计。因为他弟弟陈琦采帮青帮大佬范高头的手下赢了官司，范主动提出与陈琦美结拜，使陈也一跃进入“大”字辈。大约就在这时候，陈琦美结识了应夔丞。1906年范高头事发，陈琦美远赴日本，先在东京警监学校学警察法律，后转入乔夫创办的成城学校学军事。1908年，他回上海设立同盟会秘密机关，将应夔丞吸收入会。应家房屋很多，遇有机密事件陈琦美常去借用。

陈有口齿、主意、手段、行动“四捷”之称，据说当时上海的戏园、茶馆、澡堂、酒楼、妓院，哪个角落都有他的党羽。光绪三十四年7月底，革命党中部总会成立，他被推举为庶务部长。

在革命时一些会党大佬也出面为革命效力。上海光复后陈琦美当上革命军驻沪都督，靠的是会党人士以恐怖手段控制会场，而都督府参谋部谍报科科长正是应夔丞。后来应组织共进会，报纸广告中列在第一位的发起人就是陈琦美。

宋遁初在离开革命党前，陈琦美、应夔丞等人为他设宴，意图弥合乔夫和宋遁初的矛盾。席间陈向宋问组阁之策，宋答以“大公无党”。陈默然，应却骂道：“你简直是叛党，我一定要给你一个报应。”说着就要掏手枪，被在场的其他人劝阻。宋说，“死无惧，志不可夺。”于是不欢而散。上海的沈翔云是陈的重要谋士，也是情调处发展的在陈琦美身边的卧底，从他那里情调处已经得知，革命党内许多人深恨宋，陈、应那些天一直在秘商要对付宋。沈的推断是宋可能要出事，情调局上海站也曾经上报给总部，不过情调局贺老板的批复是“密切监视，切勿惊动”，几天之后宋果然遇刺。

宋遁初遇刺后，很快有警官去现场勘查，从车站酒吧洋服务员那里得知，宋在议员接待室休息时，曾有3个人频频在室外窥探；在宋走出接待室时，其中两人退到里月台西南角的水果摊旁，另一人站在里月台中央，很可能就是凶手。上海警方虽然统属复杂，但是很多人已经是情调统调两处的卧底或者是合作者，上海阿拉还是识相的，所以在两处的督促下，侦破宋案的积极性非常高，让乔夫等人都咋舌，这帮黑狗皮大爷什么时候对革命党（公民党）的事情如此上心了，不过有的人就该坐不住了。

14日（宋遁初遇刺次日），宝善路六野旅馆有人向警局报告，有个房客很可疑。此人叫武士英，身材矮小、面目凶恶，生活窘迫。宋遁初遇刺那天，有个姓冯的带着三四个人来找他。之后武面露喜色，向隔壁房客借了3角钱车资外出。晚上8点他穿着新衣回来，用1元钱还了3角钱的借款。隔壁房客说：哪用这么多！武手里捏着几十块钱，得意地说，事成后还有一千。说完就出门去了。当晚他没回旅馆，第二天一早来店结清房钱就搬走了。

同日，有两人到公共租界巡捕房报案，说刺宋是中华国民共进会会长应夔丞主使。之后，又有两人（其中一人之前来过）第二次报案，说古董商王阿法也知道此事。23日晚上，又有第三次报案。巡捕房于是先找到王阿法询问，而后采取了行动。午夜，正在迎春坊喝酒的应夔丞被捕。

至此，此案峰回路转，引起了很多后来史学家的猜测。当然阴谋论者更是怀疑这一切是否有人暗中操纵，不过吴宸轩和贺敏寒、余健等人的回忆录中对此事都是统一口径的，只谈事后的处理，却对事发前是否得到情报，还有采取了什么措施来推动案件的侦破都绝口不提，似乎整个上海的山东商会势力和情调局、统调局的上海站都是吃干饭的，瞪着眼睛看戏而已。不过情调局和统调局上海站的两位负责人后来的档案中却记载着当年的工作业绩为优良，这里面的道道，恐怕不足为外人道也。