巴黎和会上协约国为扼杀新生的红俄政权，乘机进行武装干涉，扶植白俄势力发动武装叛乱。从共和九年三月起，英、法、美干涉军先后在摩尔曼斯克登陆。4月5日起，日、英、美干涉军在符拉迪沃斯托克（海参崴）登陆。此外，协约**队还侵入俄属中亚和南高加索。4～5月，德国和处于瓦解前夕的奥斯曼帝国违背《布列斯特和约》，侵占克里木和南高加索。
5月底，由5万名奥匈帝国战俘编成的捷克斯洛伐克军团，在经西伯利亚遣返途中发动叛乱，先后侵占伏尔加河中游、乌拉尔、西伯利亚和远东地区。顿河地区克拉斯诺夫的哥萨克白卫军、北高加索邓尼金的“志愿军”相继叛乱，成立反革命政府，并着手扩充叛乱武装。年中，由于农工党实行余粮收集制，社会革命党乘机在各地鼓动农民支持叛乱，成立反红俄政权。至同年夏，红俄丧失3/4领土，陷入四面受敌的险境。
农工党在未掌握国家政权时为了瓦解作为沙皇**统治支柱的沙俄军队，在军队内部进行的宣传活动以鼓动士兵反对军官权威和军队的组织纪律制度为主要内容，十月革命后为了兑现结束帝国*主义战争的诺言又大量遣散旧军队。结果导致了面对白俄军的叛乱与进攻，红俄政府掌握的军队数量严重不足，面对来自各个方向的围攻疲于应对、顾此失彼。而且就是这些有限的军队，也因为军官的大量流失而缺乏有效的组织、管理、约束和指挥。被留用的军官有相当部分的忠诚度值得怀疑，甚至隐藏了大量的破坏分子。那些忠心于新政权的军官，也往往因为由农工早期的兵*运宣传造成的军队内部自由思想泛滥、组织纪律涣散而难以建立权威、发挥与旧军队或白俄军中的军官相当的作用。
表面上看红俄已经危在旦夕，但是吴宸轩很清楚红俄的命还长着呢，相信得到了中国暗中支持的秃脑门会有办法对付那些貌合神离的反对派们。现在解决红俄军事问题的方法也很简单，重新在农工军内部建立起正规有效的组织、指挥和政工制度，如果短时间内不能建立起新的制度替代那么干脆恢复旧有的制度。抓住了这一关键点就可以保证红军的兵源、纪律、忠诚和战斗力，就能够解决存在的绝大多数问题。
红军的建立和初战告捷为保卫农工代表*大会政权，战胜国内外反革命势力奠定了基础，人民委员会于共和九年初颁布组建农工军和农工海军的法令；3月4日成立最高军事委员会，统一指挥全国武装力量；4月成立地方军事机构，全国实行普及军训制；5月29日，全俄中央执行委员会通过关于实行普遍兵役制的法令。农工党中央和农工政府还决定动员全国的人力、物力，将全部工作转入战时轨道。
为统一领导在东线作战的部队，6月13日成立东方面军；9月2日宣布国家为统一军营，并成立由列夫.布隆施泰因任主席的俄国革命军事委员会。瓦采季斯被任命为共和国武装力量总司令。9月11日，共和国革命军事委员会下令扩充部队编制，除东方面军外，组建南方面军、北方面军及西部防区（次年2月改编为西方面军），同年12月又组建里海-高加索方面军。11月30日成立以弗朗索瓦为主席的农工国防委员会，协调和领导军事机关和民政机关的活动，确保前线和后方的统一。所有这些措施，保证了农工军的建设及其在各条战线的初步胜利。
虽然在内战的进程中，农工政府控制的地区一度只占全国领土的很少部分，但全俄的核心区域却一直控制在农工代表*大会政府手中，这里所说的核心既是指地理形势上的，也是对工业交通而言。这样不仅从地理上隔绝了各路白俄军之间的实质联系，更重要的是农工代表*大会政府掌握了西部乃至全国的工业精华区和铁路、内河航运的枢纽和干线。依托工业区，红军不仅武器弹药的生产供应方面占据压倒性的优势（白俄军的军火供应前期只能依赖缴获，后期则要协约国千里迢迢的从海外运输），这些地区聚居的产业工人也成为了红军稳定而可靠的兵源保证。借助完整的水陆运输网，红军的兵员和武器可以便捷的输送到需要的地方、达成局部的优势。虽然有工业生产、兵力动员和交通运输方面的优势，但农工代表*大会方面也面临着一个致命却难以解决的瓶颈问题——生活资料，特别是粮食的短缺。农工代表*大会政权和红军对上述核心区以外的广大农业区缺乏有效的控制，农产品特别是粮食的匮乏成为整个内战过程中制约农工代表*大会政府的最最严重的问题之一。
于是对于俄国农民而言，万恶的余粮收集制度被政委们发明出来，机关枪工人征粮队下乡扫荡，简直就是俄国农民最恐怖的噩梦，不过也就是靠着从农民口中夺取的粮食，弗朗索瓦和他的农工党政权才度过了最为危机的共和九年。
但是随着巴黎和会的闭幕，一个由英法美中日组成的协约国干涉军集团已经形成，红俄认为打退了白俄的进攻就可以松口气了，干涉军的枪弹告诉他们这还行不通，于是俄国革命迅速进入了干涉军为骨干，白俄军为仆从与红俄的农工军在俄国广袤的土地上厮杀的阶段。那些从红俄控制区逃走的华人和白俄沿着漫长的西伯利亚铁路开始了逃生之路，而中国远征军征尘未洗就从郁郁葱葱的法国转移到了寒风凛冽的西伯利亚战区。快速反应99师成为最先进入伊尔库茨克和乌兰乌德附近的干涉军，这支英勇的军队像是铜墙铁壁挡在西伯利亚铁路的中段，击溃了一支又一支的红俄军队，收拢着从西面赶来的大批难民。像是方菲、高亮那样的营救还在贝加尔湖畔不断上演着。