随着曹州锦衣卫的南撤，搜索四皇子朱慈照和袁承志的计划落空，田承嗣暗叹人算不如天算，自己一直打四皇子朱慈照的主意，到头来还是竹篮打水一场空，田承嗣把目光盯在了朱媺娖身上，崇祯皇帝的三个儿子都不在的时候，让朱媺娖以公主身份监国，应该跟一个可行的办法吧！
而金陵城得到大顺军的攻克北京消息，是四月初八日，淮安巡抚路振飞根据塘报，向当地官绅宣布了京师失守的重大变故，并于初九日把这个塘报传到金陵城，这个消息在金陵百姓中震动很大，南京六部等高级官员，.当大顺军向北京进军时，部分官员知道京师难保，已经作了从海路迎接太子朱慈烺来南京监国的准备。
南京（金陵城）六部等高级官员虽然得到了北京陷落的消息，却由于对崇祯皇帝和他三个儿子的下落不明，他们不敢轻举妄动于是严密封锁消息，金陵城在明朝初年是帝国的首都，永乐年间迁都北京以后，南京作为留都一直保留了六部、都察院等一整套与北京相对应的中央机构.这种两京制度的特点是：皇帝和内阁大学士等决策人物都在北京，北京的六部等衙门是名副其实的中央权力机构，南京各衙门多为虚衔，公务清闲任职官员被称为“吏隐”，但地位一般不低于北京相对应的衙门官员，在留都握有实权的是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣。
四月十七日，从北京逃出来的原大学士魏炤乘证实，北京朝廷已全部覆亡，作为留都的南京很自然地成了明朝的政治中心，这让当政和在籍的大臣如雷轰顶，顿时乱成一团，对于他们来说当务之急是立君，而崇祯皇帝的三个儿子，有两个被大顺军俘获，只有四皇子朱慈照下落不明，这样朱慈照就是大明皇帝最够资格的继承人。
就在所有的人把目光放在朱慈照的身上，期待着朱慈照出现在江南时，四月十九日，淮安巡抚路振飞有传来消息：据跟随锦衣卫指挥使安建清南下的锦衣卫证实，随安指挥使南下的四皇子朱慈照被大顺军俘虏；这样崇祯皇帝三个皇子都未能逃出北京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、勋贵、太监、将帅们，对拥立哪一位藩王的问题上展开了一场勾心斗角的斗争。
.以血统亲近而言，崇祯皇帝的祖父神宗朱翊钧的子、孙还有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛，神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓，按照封建伦序观念，自然应该首先考虑福王、桂王、惠王，而在福、桂、惠三王中朱由崧又处于优先地位，淮安巡抚路振飞更是遗书南京兵部尚书史可法，谓伦序当在福王宜早定社稷主。
田承嗣也坐不住了，为了让朱媺娖监国，先后给老师史可法、南京司礼监兼守备太监韩赞周、凤阳总督马士英、兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等通气，除了司礼监兼守备太监韩赞周、凤阳总督马士英回信敷衍田承嗣，其他的人理都不理他，史可法更是严词斥责田承嗣贪恋权力，并说大明决不允许出现女人主政的局面。
朱媺娖也病得很重，而且对监国一事并不很积极，田承嗣在朝廷里就是一个孤家寡人，连阮大铖都躲着不愿意见面，这次田承嗣要面对不仅仅是东林党，而是整江南的官僚士绅，谁叫田承嗣要逆天而行呢！
江南士绅中有部分东林党人，因为朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕着储君问题展开的“妖书”、“梃击”、“移宫”等斗争，使得神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵(即朱由崧的父亲)为太子的图谋才化为泡影，他们担心一旦朱由崧登上帝位重翻旧，自己在政治上将会失势，强烈反对由福藩继统。
在籍礼部侍郎钱谦益被视为东林党魁他两次从原籍常熟赶往南京以“立贤”为名到处游说，提议迎立潞王朱常淓，支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等人，具有举足轻重的南京兵部尚书史可法也倾向于东林党的人物，他内心里对拥立福王有所顾忌，但又认为应该按伦序迎立神宗的子孙。
关键时候福王府旧人，凤阳监军太监卢九德，说服凤阳总督马士英和高杰、刘良佐、黄得功、邱磊四总兵支持，马士英立即以凤阳总督和四镇的名义，正式致书田承嗣和南京守备太监韩赞周宣布拥立福王朱由崧。
当南京各大臣被韩赞周邀请到家中传阅马士英的书信时，虽然不少人感到震惊，但是他们既无兵权，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，这些人又不愿意借助田承嗣的力量，只好违心地表示同意，拥立潞王朱常淓的主要策划人物钱谦益也态度软化，东林党魁的态度如此，其他原先追随拥潞的人也可想而知了，福王继统已成定局。
马士英给田承嗣许了封侯和继续总督河南、山西、山东三省，要田承嗣息了长公主朱媺娖监国的念头，韩赞周受卢九德所托，说只要田承嗣愿意拥立福王朱由菘，福王登基后给田承嗣封万户侯加武官一品。
田承嗣是嗤之以鼻，也没给马士英、韩赞周回信，而是给在凤阳府附近的蒋尚武、蔡大山密令，要蒋尚武、蔡大山在凤阳府搞出点动静来，四月二十七日，蒋尚武、蔡大山对一旁监视锦衣卫的凤阳官军发起了攻击，一举打垮了锦衣卫当面之敌，监视锦衣卫的山东邱磊部伤亡三千多人，被俘虏四千多人，而邱磊被锦衣卫火铳打倒，被马群踩成了肉泥。
锦衣卫和凤阳驻军发生冲突，震惊了整个江南，使得江南的官僚士绅百姓，不得不正视田承嗣的存在，忽视田承嗣的锦衣卫，会带来不可想象的后果，田承嗣把这次行动，说成是锦衣卫和凤阳驻军长期摩擦造成的恶果，惊呆了的南京官员们，第一次没有使出文人的大吵大闹，而是一起抱团商量怎么对付田承嗣。